При обновлении все объекты сбрасываются к своим стандартным версиям из дистрибутива Паруса. Если в эти объекты были "вручную" внесены какие-то изменения, эти изменения будут потеряны при обновлении. Перед изменением хорошо размножить (и править копию). Тогда при обновлении оригинал обновится, а изменения в копии сохранятся. Я так поступаю с пользовательскими отчётами, главной книгой, кассовой книгой.

Случаи, когда я правил без размножения: http://mpksl.ru/parus/p8 -- при каждом обновлении надо править вновь.